Caractérisation d’un nouveau mécanisme de tolérance aux stress biotiques et abiotiques chez Arabidopsis thaliana et chez la tomate

Type de stage

Stage de 2ème année de master ou de fin d’études d’ingénieur, de niveau Bac+5.

Laboratoire et contexte scientifique

Le stage se déroulera au sein de l’UMR BFP, PrADAM, à Villenave d’Ornon. La recherche de nouveaux mécanismes de résistance aux virus chez les plantes est cruciale pour l’agriculture, les virus entraînant des pertes mondiales estimées à 50 milliards d’euros par an.

Les mécanismes de résistance actuellement connus, fondés sur les gènes majeurs ou la modification de gènes de sensibilité, présentent certaines limites : les premiers sont difficiles à transférer entre espèces et les seconds reposent sur une diversité génétique restreinte.

Une étude récente sur l’abricotier sauvage a mis en évidence une nouvelle région de résistance à la sharka, maladie virale due au Plum pox virus (PPV), sur le chromosome 1. Cette région est liée au gène étudié dans le projet. Des expériences sur Arabidopsis ont montré que la surexpression de ce gène confère une résistance au PPV, suggérant un rôle antiviral de la protéine, potentiellement via une interaction directe avec la protéine de capside virale.

Objectifs du projet

• Valider la généricité de ce nouveau mécanisme de résistance chez d’autres espèces cultivées, notamment la tomate.
• Prédire sa transférabilité à d’autres pathosystèmes au moyen d’analyses in silico.
• Vérifier la corrélation entre ce mécanisme et la tolérance des plantes cultivées aux stress abiotiques, notamment la chaleur et la sécheresse.

Méthodes

• Tests de tolérance aux virus et aux stress abiotiques en conditions contrôlées.
• Extraction d’ADN et d’ARN.
• PCR et Q-RT-PCR.
• Obtention de lignées de tomates éditées par l’approche CRISPR-Cas9.

Profil recherché

• Niveau Master Bac+5 ou fin d’études d’ingénieur.
• Connaissances de base en génétique mendélienne et en biologie moléculaire.
• Compétences opérationnelles en extraction d’ADN/ARN et en PCR ; des compétences potentielles en Q-RT-PCR sont appréciées.
• Notions de base sous R, en statistiques et/ou en culture in vitro.
• Français et/ou anglais.

Mots-clés

Génétique inverse, édition des gènes, génomique fonctionnelle, stress biotique et abiotique.

Encadrement et lieu

• Responsable du stage : Véronique Decroocq.
• Laboratoire : UMR BFP, PrADAM.
• Adresse : 71 Avenue Edouard Bourlaux, 33140 Villenave d’Ornon, France.